Flintholm optrådte første gang i historien i år 1505. Den første adelsslægt, der ejede Flintholm var Bryske.                Slægten Lange, der ejede Flintholm fra 1768 til 1902, satte i særlig grad deres præg på ejendommen. Hovedbygningen er således opført af Frederik Lange i 1842-44 i nyklassicistisk stilart efter en brand i 1840.

Herregårdens avlsbygninger er opført i 1720 og 1886.

Efter en brand i 2016 i kampestensladen og portalen fremstår gårdanlægget i dag mere åbent.

Flintholm er en privat herregård med landbrug, skov, juletræer og jagt. Herregårdens avlsbygninger er kontorfaciliteter for virksomhederne Dansk Generationsskifte og Studio

Herregårdens hovedhus er fredet.